นับตั้งแต่รัฐบาลไทยประกาศทำ CL บริษัทยา ซึ่งเป็นเจ้าของสิทธิบัตรยาตัวที่รัฐบาลประกาศทำ CL ก็มีปฏิกิริยากับเรื่องนี้มาโดยตลอด เริ่มจากการกล่าวหาว่า การประกาศมาตรการใช้สิทธิตามสิทธิบัตรของไทยผิดกฎหมาย ทั้งที่ความจริงไม่ผิดทั้งกฎหมายไทยและข้อตกลงระหว่างประเทศ

จากนั้นก็กล่าวว่าประเทศไทยไม่มีการเจรจา เพื่อต่อรองราคากับบริษัทยาก่อนที่จะใช้มาตรการใช้สิทธิตามสิทธิบัตร ทั้งที่ความจริงไม่ว่าจะเป็นกระทรวงสาธารณสุขหรือองค์กรที่ทำงานด้านเอดส์ ต่างก็พยายามเจรจาต่อรองราคายากับบริษัทยามาโดยตลอด

ต่อมาก็กล่าวหาว่า คุณภาพยาที่เกิดจากการทำ CL จะไม่ดีเท่ายาต้นแบบของบริษัท ทั้งที่ยาชื่อสามัญที่องค์การเภสัชกรรมผลิตหรือนำเข้าจากอินเดีย ผ่านการตรวจสอบมาตรฐานและรับรองจากองค์การอนามัยโลก ซึ่งแสดงว่ายาสามัญนั้นมีคุณภาพดีเทียบเท่ากับยาต้นตำหรับที่มีสิทธิบัตร

เริ่มที่ บริษัทเมิร์ค  ชาร์ป แอนด์ โดร์ม เจ้าของสิทธิบัตรยาเอฟฟาไวเรนซ์ ได้ประกาศลดราคายาเอฟฟาไวเรนซ์ลงทั่วโลกในประเทศที่กำลังพัฒนาและประเทศที่มีการระบาดอย่างรุนแรงของเอชไอวีซึ่งรวมถึงประเทศไทย จากเดิมที่ราคาต่อเดือน 1,500 บาท ลงมาอยู่ที่ 700 บาท เพื่อแข่งขันทางตลาดกับยาชื่อสามัญ ที่ไทยกำลังจะนำเข้าจากอินเดีย และผลิตได้โดยองค์การเภสัชกรรมซึ่งอยู่ที่ 650 บาทต่อเดือน

สำหรับบริษัทแอ๊บบอท ซึ่งเป็นเจ้าของสิทธิบัตรยาคาเรทตรา เลือกที่ใช้มาตรการการขอเพิกถอนการขึ้นทะเบียนยาใหม่กับ อย. เพื่อตอบโต้การทำ CLของรัฐบาล ซึ่งยาดังกล่าวมีทั้งหมด 7 ตัว ได้แก่

อย่างไรก็ตาม เป็นที่น่าสังเกตว่าบริษัทแอ๊บบอตไม่ถอนการขึ้นทะเบียนผลิตภัณฑ์ตัวอื่นๆ เช่น ผลิตภัณฑ์เสริมอาหาร นมผง ยาลดความอ้วน ฯลฯ แต่ขอเพิกถอนเฉพาะตัวยาใหม่ๆ ที่จำเป็นสำหรับผู้ป่วย มาตรการที่แอ๊บบอตใช้ตอบโต้การทำ CL ของรัฐบาลไทย เป็นวิธีการที่ใช้คนไข้/ผู้ป่วยเป็นตัวประกัน โดยไม่สนใจว่าจะมีคนทุกข์ทรมานหรือเสียชีวิตเพราะความเจ็บป่วยเนื่องจากเข้าไม่ถึงยา